Category:分子動力学
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
ベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cubeアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
陰溶媒
Implicit solvation
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
CHARMM
CHARMM
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
レプリカ交換法
Parallel tempering
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
QM/MM
QM/MM
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
メタダイナミクス法
Metadynamics
分子動力学法
Molecular dynamics
OPLS
OPLS
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
ベレの方法
Verlet integration