Category:分子動力学
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
レプリカ交換法
Parallel tempering
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
ベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUsアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
ベルレ・リスト
Verlet list
QM/MM
QM/MM
陰溶媒
Implicit solvation
CHARMM
CHARMM
メタダイナミクス法
Metadynamics
ベレの方法
Verlet integration
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
分子動力学法
Molecular dynamics
OPLS
OPLS