Category:分子動力学
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
ベレの方法
Verlet integration
メタダイナミクス法
Metadynamics
QM/MM
QM/MM
CHARMM
CHARMM
分子動力学法
Molecular dynamics
レプリカ交換法
Parallel tempering
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
陰溶媒
Implicit solvation
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
OPLS
OPLS
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostatベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method