Category:分子動力学
分子動力学法
Molecular dynamics
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
ベレの方法
Verlet integration
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
陰溶媒
Implicit solvationベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
ベルレ・リスト
Verlet list
メタダイナミクス法
Metadynamics
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
CHARMM
CHARMM
QM/MM
QM/MM
OPLS
OPLS
レプリカ交換法
Parallel tempering