Category:分子動力学
分子動力学法
Molecular dynamics
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
メタダイナミクス法
Metadynamics
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
陰溶媒
Implicit solvation
CHARMM
CHARMM
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
ベレの方法
Verlet integrationベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
OPLS
OPLS
レプリカ交換法
Parallel tempering
QM/MM
QM/MM
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation