Category:分子動力学
OPLS
OPLS
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
ベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostatアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
陰溶媒
Implicit solvation
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
メタダイナミクス法
Metadynamics
レプリカ交換法
Parallel tempering
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
分子動力学法
Molecular dynamics
QM/MM
QM/MM
CHARMM
CHARMM
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
ベレの方法
Verlet integration