Category:分子動力学
分子動力学法
Molecular dynamics周期的境界条件
Periodic boundary conditionsベレの方法
Verlet integrationOPLS
OPLSポアソン=ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation原子位置の二乗平均平方根偏差
Root-mean-square deviation of atomic positionsQM/MM
QM/MMカー・パリネロ法
Car–Parrinello methodレプリカ交換法
Parallel temperingメタダイナミクス法
Metadynamicsベルレ・リスト
Verlet listベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostatCHARMM
CHARMMGPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUsアンブレラサンプリング法
Umbrella samplingアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat局所上昇法
Local elevationアントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)陰溶媒
Implicit solvationフライングアイスキューブ効果
Flying ice cube能勢=フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat