Category:分子動力学
ベレの方法
Verlet integration
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostatベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
ベルレ・リスト
Verlet list
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
陰溶媒
Implicit solvation
CHARMM
CHARMM
メタダイナミクス法
Metadynamics
QM/MM
QM/MM
OPLS
OPLS
レプリカ交換法
Parallel tempering
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
分子動力学法
Molecular dynamics