Category:分子動力学
QM/MM
QM/MM
陰溶媒
Implicit solvation
CHARMM
CHARMM
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cubeベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
メタダイナミクス法
Metadynamics
OPLS
OPLS
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
レプリカ交換法
Parallel tempering
ベレの方法
Verlet integration
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
分子動力学法
Molecular dynamics