Category:分子動力学
カー・パリネロ法
Car–Parrinello methodアンブレラサンプリング法
Umbrella samplingポアソン=ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equationCHARMM
CHARMMGPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positionsアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat能勢=フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat局所上昇法
Local elevationアントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)フライングアイスキューブ効果
Flying ice cubeベルレ・リスト
Verlet list陰溶媒
Implicit solvationベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostatOPLS
OPLSメタダイナミクス法
Metadynamicsレプリカ交換法
Parallel temperingベレの方法
Verlet integrationQM/MM
QM/MM分子動力学法
Molecular dynamics周期的境界条件
Periodic boundary conditions