Category:分子動力学
カー・パリネロ法
Car–Parrinello methodベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostatフライングアイスキューブ効果
Flying ice cubeアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat局所上昇法
Local elevationアントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)ベルレ・リスト
Verlet listGPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs陰溶媒
Implicit solvation能勢=フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostatCHARMM
CHARMMポアソン=ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equationレプリカ交換法
Parallel tempering周期的境界条件
Periodic boundary conditionsQM/MM
QM/MMアンブレラサンプリング法
Umbrella samplingメタダイナミクス法
Metadynamics分子動力学法
Molecular dynamicsOPLS
OPLS原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positionsベレの方法
Verlet integration