Category:分子動力学
分子動力学法
Molecular dynamics
ベレの方法
Verlet integration
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
レプリカ交換法
Parallel tempering
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
QM/MM
QM/MM
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
メタダイナミクス法
Metadynamics
OPLS
OPLS
ベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
陰溶媒
Implicit solvationアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
CHARMM
CHARMM
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method