Category:分子動力学
ベレの方法
Verlet integration
レプリカ交換法
Parallel tempering
QM/MM
QM/MM
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
分子動力学法
Molecular dynamics
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
CHARMM
CHARMM
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
OPLS
OPLS
陰溶媒
Implicit solvation
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
ベルレ・リスト
Verlet list
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUsベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
メタダイナミクス法
Metadynamics
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat