Category:分子動力学
分子動力学法
Molecular dynamics周期的境界条件
Periodic boundary conditionsベレの方法
Verlet integrationポアソン=ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation能勢=フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positionsOPLS
OPLSカー・パリネロ法
Car–Parrinello methodQM/MM
QM/MMCHARMM
CHARMMベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostatメタダイナミクス法
Metadynamicsベルレ・リスト
Verlet listGPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs陰溶媒
Implicit solvationアンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat局所上昇法
Local elevationアントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)フライングアイスキューブ効果
Flying ice cubeレプリカ交換法
Parallel temperingアンブレラサンプリング法
Umbrella sampling