Category:分子動力学
分子動力学法
Molecular dynamics
原子位置の二乗平均平方根偏差
Root mean square deviation of atomic positions
周期的境界条件
Periodic boundary conditions
ベレの方法
Verlet integration
QM/MM
QM/MM
メタダイナミクス法
Metadynamics
OPLS
OPLS
アンブレラサンプリング法
Umbrella sampling
レプリカ交換法
Parallel tempering
能勢＝フーバー・サーモスタット
Nosé–Hoover thermostat
ポアソン＝ボルツマン方程式
Poisson–Boltzmann equation
CHARMM
CHARMM
カー・パリネロ法
Car–Parrinello method
GPUを用いた分子モデリング
Molecular modeling on GPUs
陰溶媒
Implicit solvation
アンダーセン・サーモスタット
Andersen thermostat
局所上昇法
Local elevation
アントン (スーパーコンピュータ)
Anton (computer)
フライングアイスキューブ効果
Flying ice cube
ベルレ・リスト
Verlet listベレンゼン・サーモスタット
Berendsen thermostat